Разозленный неудачей своих войск, султан Махмуд И обращается за помощью к хедиву Египта Мухаммеду Али. Бои на материковой Греции еще продолжались, когда на греческих островах Эгейского моря вспыхнули многочисленные локальные восстания. Сначала ими оказались охвачены большие, с довольно значительным городским населением острова Крит и Кипр. Однако здесь восстания были быстро подавлены, а лица, подозреваемые в их руководстве, в том числе и известные греческие священники и видные деятели общин, были публично казнены. Однако возмущение сохранялось, тем более что на материке османским властям, несмотря на все их усилия, так и не удалось восстановить порядок.


Весной 1822 года, когда османские войска готовились к проведению новой, как они считали, решающей кампании против повстанцев в материковой Греции, султан обратился за помощью в Мухаммеду Али, хедиву Египта. Он рассчитывал на то, что в то время как османские войска Махмуда Драмали и Омара Вриони разгромят силы повстанцев на материке, огромный флот Мухаммеда Али восстановит порядок на Эгейском море.Отношения между султаном Махмудом и его египетским вассалом были натянутыми и напряженными. Фактически с 1805 года Египет, управляемый Мухаммедом Али, был независимым, хотя формально и оставался частью Османской империи, поскольку это давало определенные политические преимущества. Ни одна из сторон не стремилась к военной конфронтации, и до тех пор, пока Мухаммед Али демонстрировал свою верность Махмуду, в этом не было необходимости. Призывая Мухаммеда Али вступить в борьбу с греками, султан Махмуд преследовал двойную цель: во-первых, он хотел восстановить в Греции власть турок, а во-вторых, надеялся несколько ослабить военную мощь Мухаммеда Али.

В апреле 1822 года Мухаммед Али направил к берегам Крита флот из боевых и транспортных кораблей, на которых находилось в общей сложности 12 ООО солдат, артиллерия и конница. Перед ним была поставлена задача умиротворения Крита на том условии, что после того как порядок на острове будет восстановлен, его наместником станет зять Мухаммеда Али — Хассан-бей. Флот достиг бухты Суда 28 мая 1822 года, после чего египетские войска быстро заняли весь остров, сжигая деревни и размещая гарнизоны в городах. В течение лета египетские войска легко разгромили греческие отряды в ходе серьезных столкновений. Эти успехи египтян резко контрастировали с постоянными поражениями турецкой армии в Морее.В 1824 году, увидев, что войска  Мухаммеда Али без труда разгромили греческих повстанцев на Крите, что не удавалось сделать его собственной армии в Морее, султан Махмуд пошел на еще большие уступки, чем те, что он предложил Мухаммеду Али двумя годами ранее. Помимо управления Критом Махмуд предположил назначить сына Мухаммеда Али — Ибрагим-пашу -губернатором Морей, если тот сумеет подавить греческое восстание.Зная об отчаянном положении армии султана, Мухаммед Али, со своей стороны, потребовал не только Крит и Морею, но также Кипр и Сирию. Кроме того, он хотел, чтобы наместники этих земель подчинялись ему, а не непосредственно султану. Махмуд неохотно принял эти условия, и египетская армия начала готовиться к новому походу.

Египетский флот отплыл из Александрии 4 июля 1824 года. Он включал примерно 200 боевых кораблей различных типов, на борту которых находилось 18 ООО солдат, не считая лошадей и артиллерии. Флот достиг Родоса через несколько недель, но вынужден был там остановиться и ждать прибытия турецкой эскадры, которой поручалось сопровождать его. К этому моменту грекам удалось создать огромный, хотя и нестандартный флот, состоявший из брандеров и легких боевых кораблей, которые могли нанести значительный ущерб тяжелогруженым египетским кораблям.Турецкий флот под командованием Хосров-паши встретился с египетским флотом 1 сентября, добавив к уже и без того сильному соединению Ибрагим-паши еще 20 фрегатов, 25 корветов и один 75-пушечный линейный корабль. Затем объединенный флот направился к Криту.Свою первую попытку остановить эту армаду греки предприняли 5 сентября, когда их флотилия, состоявшая примерно из 70 фрегатов, корветов и брандеров напала на турецко-египетский флот близ острова Кос. Увидев брандеры, турки запаниковали и поплыли назад в Бодрум, вынуждая египтян последовать за ними. 10 сентября турки попробовали еще раз выйти к Криту, но потеряли два фрегата от огня греческих брандеров и решили двигаться к Родосу, оставив египтян действовать самостоятельно. В начале ноября Ибрагим-паша выступил в поход, и на первом этапе ему сопутствовал успех, хотя его флот постоянно подвергался ударам греческих кораблей. Однако следствием длительного периода относительного затишья стало то,что его подчиненные расслабились, а транспорты сильно отстали от боевых кораблей. 13 ноября греки атаковали египетские транспортные корабли, три из них потопили, а несколько захватили. Остальные суда были рассеяны, и понадобилось несколько недель, чтобы собрать флот и восстановить порядок

Однако в декабре 1825 года Ибрагим-паше удалось осуществить прорыв, когда греческие матросы забастовали, требуя выплаты жалования. Пока греческие корабли стояли в гавани, Ибрагим-паша сумел пройти на запад и соединиться с турецкими войсками у Крита. Затем он двинулся на север и 24 февраля высадил свою армию близ Метони. Первоначально на берег сошло 4000 пехотинцев и 500 кавалеристов, но через неделю к ним присоединились еще 6000 пехотинцев и 500 кавалеристов.Чтобы противостоять этой силе, грекам удалось собрать лишь 8000 ополченцев. В предшествующий период греки предприняли несколько попыток сформировать регулярные пехотные батальоны, но из-за отсутствия денег этот процесс шел очень медленно, а в силу получившей широкое распространение коррупции правительство полагало, что обладает значительными военными силами. Когда до Нафплиона дошли известия, что египтяне высадились близ Метони, оказалось, что в действительности наличествует лишь незначительная часть из тех 30 ООО солдат, что находились на военной службе, судя по платежной ведомости.

Ибрагим-паша стремительно двинулся вперед и окружил две наиболее важные греческие крепости в Западной Морее — Пилос и Наварин, находившиеся на берегах Наваринского залива. Чтобы снять осаду, греки двинули с запада армию, насчитывавшую примерно 7000 человек и включавшую большое количество закаленных в боях ветеранов. Греки заняли сильные оборонительные позиции неподалеку от лагеря Ибрагим-паши и стали ждать подхода египетских войск. 19 апреля Ибрагим атаковал греческие позиции силами 3000 прекрасно обученных арабских пехотинцев. Греки смогли нанести атакующим войскам тяжелые потери, но удержать свои позиции им не удалось. Солдаты Ибрагима взяли греческие окопы в штыки, заставив греков бежать.Ликвидировав угрозу своим тылам, Ибрагим-паша мог теперь заняться методичной осадой Наварина и других находившихся в этом районе крепостей. Первой пала крепость на острове Сфактерия, которую 8 мая взял Хуссейн-бей — завоеватель Крита. Гарнизон Пилоса, у которого закончились вода и продовольствие, сдался 11 мая. В соответствии с условиями капитуляции, греческие солдаты были доставлены на контролируемую повстанцами территорию. 14 мая их примеру последовал и гарнизон Наварина. Подчинив себе Западную Морею, Ибрагим-паша стремительно двинулся на восток к Триполи, успешно обходя каждый раз греков, пытавшихся блокировать ему дорогу. Он легко взял Триполи, но его надежде быстро захватить Нафплион, где находилось греческое правительство, не суждено было осуществиться из-за упорного сопротивления греков у Лернейских мельниц. Патриоты попытались повторить здесь тактику, которую они использовали против Махмуда Драмали четырьмя годами ранее, но Ибрагим был готов к этому и 9 июля предпринял одновременное наступление на все греческие позиции, находившиеся вокруг его лагеря.