Осажденные в Посольском квартале за все время нахождения в блокаде понесли относительно небольшие потери. Среди добровольцев 67 человек были убиты и умерли от ран, а также 167 человек-ранены. Потери регулярных войск восьми стран коалиции составили 4 офицера и 49 солдат убитыми, 9 офицеров и 136 солдат ранеными. В местах, где непосредственно разворачивалось Ихэтуаньское восстание,Пекине, Тяньцзине и Дагу-в период с 31 декабря 1899 года по 5 октября 1900 года были убиты 200 миссионеров и более 50 детей. Потери китайцев оказались намного больше: десятки тысяч человек погибли во время восстания и последовавших за ним репрессий. После освобождения Пекина войска коалиции организовали массовые погромы и казнили много невинных китайцев.

Пекин был разорен. Вдовствующая императрица, переодевшись крестьянкой, в сопровождении императора, некоторых членов правительства и множества придворных на нескольких простых телегах сбежала из столицы на север. В течение следующих двух месяцев постоянно увеличивавшийся императорский двор блуждал с места на место, преодолев 120 км, прежде чем в конце октября обосноваться в Сиане (провинция Шэньси). Вдовствующая императрица вернулась в Пекин только 6 января 1902 года.

Последние очаги сопротивления ихэтуаней в Пекине были ликвидированы в тот день, когда Цыси покинула город. Солдаты войск коалиции теперь свободно бродили по городу, грабя дома и забирая себе все, что им приглянулось. Торжественный парад был проведен победителями 28 августа в Запретном городе-священном для китайцев месте. В других районах многие деревни и города были сожжены и также разграбленые войсками коалиции, оправдывавшими свои действия необходимостью возмездия. В любое селение, жители которого подозревались в антизападных настроениях, могли быть направлены части Экспедиционных войск, чтобы «преподать туземцам урок».

В период с 8 по 25 сентября было проведено не менее четырех карательных экспедиций. Первую направили в находившийся в 22 километрах к юго-западу от Пекина Тулюцунь, считавшийся центром ихэтуаней. Когда войска ушли, от города остались лишь дымящиеся руины. Три дня спустя настала очередь Лянцана, который был взят штурмом, после чего в нем спешно судили и казнили 170 жителей. 25 сентября в Дагу прибыл генерал-фельдмаршал граф фон Вальдерзее, верховный главнокомандующий войсками коалиции, и подобные «мероприятия» активизировались. Единственное, как заметил немецкий генерал, что его волновало, так это «наша мягкость по отношению к китайцам».

7 сентября 1901 года был подписан мирный договор. В нем предусматривалось принесение официальных извинений Германии и Японии за убийства барона фон Кеттелера и советника Сугиямы, запрещался ввоз в страну вооружения и боеприпасов. Коалиция получала право возвести 12 опорных пунктов на пути от Пекина к морю. Китайское правительство должно было выплатить 333 млн долларов США в течение 40 лет.

В сентябре 1902 года с Великобританией было подписано новое соглашение, открывшее Китай для еще большего количества английских товаров. В 1903 году Япония получила в Китае дополнительные концессии. Это стало одной из причин дипломатической конфронтации между Японией и Россией по вопросу Маньчжурии, что привело в 1904 году к полномасштабному военному конфликту.