Благодаря героическим усилиям австрийской артиллерии и кавалерии, а также из-за того, что после соединения трех прусских армий у Мольтке возникли проблемы с передвижением войск, австрийская армия смогла 4 июля продолжить отступление в юго-восточном направлении. Тем не менее у Мольтке было достаточно разведданных, чтобы принять ряд важных тактических решений. Он развернул 2-ю армию, поручив ей преследование противника, а Эльбскую и 1-ю армии отправил к Вене.

Хотя австрийская армия понесла тяжелое поражение, Мольтке знал, что она все еще могла стать серьезной силой, если бы получила достаточно времени, чтобы провести реорганизацию. Кроме того, полная победа австрийцев над итальянцами при Кустоце 24 июня означала, что австрийская Южная армия могла теперь быть переброшена на север, чтобы защитить Вену.Другая проблема заключалась в том, что победа была настолько крупной, что за ней неизбежно должны были последовать серьезные дипломатические шаги, поскольку другие страны не могли не отреагировать на успех Пруссии. Так, например, вполне могла вмешаться Франция.Поскольку Бенедеку необходимо было и отступать, и реорганизовать свои войска, генерал решил уходить к укрепленному лагерю в Ольмюце, оставив кавалерийский заслон, получивший приказ задержать пруссаков как можно дольше.

Собрав остатки своих войск в Ольмюце 11 июля, Бенедек оставил там один корпус, а остальные части направил на защиту Вены. 17 июля австрийская Северная армия выступила из Ольмюца и двинулась на юг. Во время перехода она подвергалась постоянным атакам прусских передовых частей, причем произошло и несколько достаточно серьезных столкновений, во время одного из которых сам Бенедек едва избежал плена. К 20 июля австрийская Южная армия достигла Вены, развернув на позициях примерно 50 ООО человек.Дипломатические баталии были такими же жаркими, как и военные, и вскоре в Никольсбурге было подписано перемирие, вступившее в силу 22 июля. По заключенному затем мирному договору было признано присоединение к Пруссии обширных территорий, в том числе Шлезвиг-Гольштейна, королевства Ганновер, курфюршества Гессен, герцогства Нассау и города Франкфурта. Пруссия стала главой Северогерманского союза. Австрия в целом сохранила свои земли, утратив лишь Венецию.