Потери обеих сторон при Прейсиш-Эйлау потрясли всех, кто присутствовал при этом сражении. Обе стороны объявили о своей победе. Беннигсен сообщил, что нанес французам урон в 20 ООО человек, при том, что его собственные потери составили всего 6000. Наполеон заявил, что французы потеряли 6700 человек, в то время как русские войска не досчитались 27 000. Большинство современных исследователей оценивает потери французов в 10 000 человек, русских — в 20 000. Действительно, Беннигсен покинул поле боя, но и Наполеон через несколько дней после сражения написал в свой штаб в Варшаве: «Поле боя осталось за нами; но, хотя потери были очень тяжелы с обеих сторон, то что я нахожусь слишком далеко от своих баз, делает мое положение более серьезным».

Французская конница преследовала русские войска, но не особенно усердно. Ни одна из сторон не хотела вновь участвовать в столь кровопролитном сражении. Французская армия была неспособна произвести марш, чтобы осадить Кёнигсберг, где закрепилась теперь армия Беннигсена. Вместо этого французы ушли на зимние квартиры. Следующим важным эпизодом этой кампании стала осада стратегически важного порта Данциг, предпринятая в конце февраля войсками X корпуса маршала Лефевра. 1 июня гарнизон Данцига сложил оружие.

Император Всероссийский Александр I был все еще полон решимости нанести поражение Наполеону, в связи с чем Беннигсен вновь вступил на территорию Польши — в июне 1807 года. И вновь Наполеон сумел добиться стратегической победы: он создал угрозу окружения русской армии, и Беннигсен отступил, чтобы не потерять свои войска и не сдать Кёнигсберг. 14 июня при Фридланде он, однако, решил, что у него появилась возможность уничтожить оказавшийся оторванным один французский корпус силой в 15 000 человек, которым командовал маршал Ланн. Французские войска, стоявшие под Фридландом, в несколько раз уступали русским (около 60 000 человек).

Рано утром 14 июня Беннигсен начал перебрасывать части своей армии через реку, чтобы атаковать Лан-на. Однако французы заняли очень удобные для обороны позиции, а кроме того, к Ланну постоянно подходили подкрепления — кавалерийская дивизия Груши, затем VIII корпус Мортье. Русские атаки выдохлись, а к полудню на поле боя прибыл сам Наполеон во главе сильной французской армии. Русские войска оказались прижаты к реке и разгромлены массированной атакой VI корпуса Нея. Результатом этой кампании стало подписание Александром и Наполеоном в июле Тильзитского мира.