Атакованная во фланг войсками Хидэаки и с фронта-армией Восточной коалиции, армия Мицунари начинает быстро распадаться.Решение Кобаякавы Хидэаки изменить своим союзникам по Западной коалиции и атаковать их позиции определило исход сражения. Вскоре после полудня его войска начали движение вниз со своих позиций, чтобы атаковать фланг Отани Ёсицугу, ветерана, который был почти слепым и настолько слабым, что управлял своим отрядом из паланкина. Однако несмотря на физическую немощь Ёсицугу сохранил живой ум. С того момента как Хидэаки никак не отреагировал на сигнальные костры Мицунари, он уже ожидал предательства. Ёсицугу развернул половину своих воинов, чтобы отразить угрозу с фланга. Его отряд уже сражался с войсками «восточной» армии; и когда бывшие союзники под командованием Хидэаки атаковали Ёсицугу, он оказался на грани полного разгрома.Старик не мог спуститься со своего паланкина и поэтому приказал своему вассалу убить его, а голову спрятать, чтобы враг не смог найти ее. Рыдающий вассал подчинился, а затем и сам покончил с собой. Голова Ёсицугу так и не была найдена.

Теперь Кобаякава атаковал позиции Укиты и Кони-си. Не зная об измене Хидэаки, ни Юкинага, ни Хидэйэ не ожидали этого внезапного нападения с тыла. Оказавшийся зажатым с двух сторон неприятелем, фронт Западной коалиции начал рушиться. Хидэйэ был настолько разгневан, что поклялся лично отрубить голову Хидэаки, после чего развернул свой отряд, чтобы всей силой обрушиться на Кобаякаву. Однако его приближенные удержали своего даймё от опрометчивых решений и увезли в безопасное место. За Хидэйэ последовал Кониси Юкинага, предпринявший отчаянную попытку скрыться на горе Ибуки. Для их воинов сражение было закончено.

Ранение Ии Наомасы

На другом участке фронта Ии Наома-са атаковал Симадзу Ёсихиро, который ранее отказался вступать в бой. Всего с 80 воинами Ёсихиро попытался отразить атаку. Их гибель не вызывала сомнений, и поэтому Наомаса перестроил свои войска прежде чем бросить их снова на Ёсихиро. Разгорелся отчаянный бой, и в этот момент небольшая группа аркебузиров Симадзу дала решающий залп. Шальная пуля, выпущенная из аркебузы, ударила в плечо Наомасу. Сопровождаемый своими воинами, он был вынужден покинуть поле боя, после чего Симадзу осуществил казавшееся до этого невозможным отступление. Примерно через 18 месяцев Наомаса скончался от полученного ранения в возрасте 42 лет.Войска Хидэаки перекрывали для Симадзу пути к отступлению, он мог двигаться только на юг в районе горы Нангу. Там Киккава Хиройэ все еще упрямо отказывался переместить свой авангард, состоявший из 3000 бойцов клана Мори. Позади него, за горой, Мори Хидэмото был вынужден остаться на своих позициях. И хотя его воины слышали шум битвы, а командиры горели желанием идти в бой, они просто были лишены возможности сделать это.

В это время отступающие войска Симадзу достигли арьергарда армии Западной коалиции Тёсокабэ Мориики и сообщили, что сражение проиграно. Это известие стремительно распространялось среди войск, расположенных восточнее горы Нангу, и все здесь слишком поздно что-либо предпринимать. Одна-ли к выводу, что теперь в бой, ход сражения мог измениться. Им мешали бездействующие войска Киккавы Хиройэ, все еще блокировавшие дорогу, по которой мог бы продвинуться Мори Хидэмото. У армии Западной коалиции было еще достаточно резервов на склонах горы Нангу, чтобы, даже после измены Кобаякавы, попытаться добиться победы. Однако вождь клана Мори отказался сражаться за Мицунари и лишил резервы возможности действовать.

Лоялистские войска восточнее горы Нангу стали отходить. Началось паническое бегство. Мицунари мог либо погибнуть вместе со своими закаленными в боях командирами, либобежать. Он выбрал последнее. Сопровождаемый горсткой вассалов, он пробрался по горным дорогам на север. Теперь вся армия Западной коалиции отступала. Было два часа пополудни, сражение закончилось, несмотря на то, что на поле боя все еще оставались некоторые очаги сопротивления. Иэясу объявил о полной победе.

Прибыв на место своего нового лагеря, Иэясу наконец одел свой шлем-во время сражения он предпочел оставаться с непокрытой головой-и произнес свою знаменитую фразу, которая до сих пор является одной из самых известных в Японии: «Затянем шнуры наших шлемов после победы». Другими словами, не стоит слишком обольщаться даже тогда, когда думаете, что уже победили.Иэясу в окружении своих военачальников начал церемонию осмотра голов мертвых врагов. Тем временем стали прибывать его генералы, принося поздравления от своих войск. Куро-да Нагамаса, Хонда Тадакацу и Фукиси-ма Масанори-все получили сердечную похвалу от Иэясу. За тяжело раненым Ии Наомасой ухаживал лично Иэясу, перевязавший его раны. Вскоре прибыл и изменник Кобаякава Хидэаки, попросивший прощения у вождя Восточной коалиции за то, что первоначально выступал против него. Иэясу извинения принял.

Токугава Иэясу предпринял срочные меры, чтобы закрепить победу. 22 октября он начал осаду родового замка Исиды-Саваяма. Кобаякава Хидэаки успешно взял эту крепость через два дня. Тем временем Иэясу начал репрессии против своих противников, посмевших бросить ему вызов. Например, его гнев обрушился и на Мори Терумото, который состоял главнокомандующим Западной коалиции, но не участвовал в военных действиях. Это стало одной из причин поражения его сторонников. Иэясу посчитал такое поведение постыдным и выгнал Терумото из Осакского замка, приказав ему передать большую часть своего имущества Киккаве Хиройэ. Могущественный даймё Кониси Юкинага, являвшийся христианином, отказался совершить ритуальное самоубийство, и был казнен. Подобная же участь ждала и Мицунари, которого схватили и казнили в Киото.

Тем временем Укита Хидэйэ укрылся в Сацуме, родовом поместье Симадзу, пока не был выдан Иэясу. Иэясу приговорил его к смерти, но затем отменил казнь и отправил Хидэйэ в изгнание. Укита Хидэйэ умер в 1655 году-последним из даймё, которые приняли участие в битве при Сэкигахаре и остались живы. Иэясу постоянно выказывал уважение Хидэёри, сыну умершего Тоётоми Хидэёси. Он был все еще популярен даже среди многих сторонников самого Иэясу. Хидэёри остался в Осакском замке и получил щедрое содержание.В 1603 году Иэясу, наконец, получил главный приз, к которому так стремился. Император Го-Ёдзэй даровал ему титул сёгуна, наследственного главнокомандующего вооруженными силами и абсолютного правителя Японии. Положение Иэясу укрепилось и благодаря щедрости, с которой он награждал тех, кто сражался на его стороне при Сэкигахаре. Он конфисковал земли 90 родов и разделил их между своими сторонниками, сделав их держателями от Токугавы. Среди тех, кто получил наиболее крупные владения, был Кобаякава Хидэаки, чье внезапное отступничество изменило ход битвы.

Иэясу разделил крупных феодалов на две группы. Фу-дай даймё (176 родов) стали те, кто был вассалом Токугавы до битвы при Сэкигахаре. В число тодзамо даймё (86 родов) вошли те феодалы, которые стали вассалами уже после сражения. Таким образом, Иэясу позволил многим своим бывшим противникам присягнуть ему на верность, стать его вассалами и сохранить хоть какой-то статус. Однако тодзамо даймё на протяжении всего сёгуната Токугавы были отстранены от реальной власти.В 1615 году Иэясу использовал якобы нанесенное ему Тоётоми Хидэёри оскорбление в качестве довольно сомнительного предлога, чтобы осадить Осакский замок. Замок был сожжен до основания. Хидэёри совершил самоубийство. К тому времени, однако, Иэясу уже не был сёгуном-в 1605 году он передал власть своему сыну.