Султан Махмуд II отказался признать поражение и вместо этого решил отплатить Европейским державам той же монетой. Он отменил Аккерманскую конвенцию, объявил Европейским державам священную войну (джихад) и закрыл Босфор для европейских кораблей. Было объявлено, что дальнейшие попытки европейцев вмешаться в греческие дела будут рассматриваться как военные действия.

Одним из непосредственных последствий Наваринского сражения стало начало секретных переговоров англичан с хедивом Мухаммедом Али, которого они пытались убедить заключить сепаратный мир. Мухаммед Али стремился вывести сына Ибрагим-пашу и его армию из Морей как можно скорее, признавая, что после потери контроля над Средиземноморьем, дальнейшая кампания окажется бесперспективной. Однако он не хотел публично предавать своего султана, особенно после того, как Махмуд объявил священную войну. В результате оставшуюся часть 1827 года и начало 1828 года Мухаммед Али занимался тем, что затягивал переговоры, насколько это было возможно, надеясь, что султан Махмуд отступит, и это позволит ему с честью выйти из сложившейся ситуации.Эти переговоры были прерваны только 26 апреля 1828 года, когда Россия объявила войну Османской империи. События развивались именно в том ключе, который Великобритания старалась не допустить в течение предыдущих шести лет. Свое недовольство правительство выместило на адмирале Эдуарде Кодрингтоне, который был отозван со своего поста и получил конфиденциальное порицание от парламента.

Русские войска во главе с генералом Дибичем прошли с боями через Молдавию, Валахию и Болгарию, захватив важнейшие крепости Шумлу, Варну и Силистрию. Затем армия перевалила через Балканские горы и 28 августа взяла Адрианополь (Эдирне), находившийся менее чем в 68 км от Константинополя. В этой ситуации, обладая абсолютным превосходством над противником, русские продиктовали свои условия мира.  Укрепив тем самым свои позиции в глазах населения Франции. Корпус силой примерно в 13 ООО человек, среди которых было много закаленных в боях ветеранов армий Наполеона, высадился в Морее 29 августа 1828 года. Этому наводящему ужас отряду не пришлось предпринимать никаких действий после своей высадки — его присутствия оказалось достаточно, чтобы Ибрагим-паша эвакуировался из Морей. Последние египетские войска оставили Грецию 5 октября. Обеспечив базу для греческой революции, французы отправились обратно, оставив лишь небольшой отряд на случай возможных осложнений. Тем временем восстановленная греческая армия освободила Аттику и Южную Грецию, изгнав оттуда остатки деморализованной и истощенной турецкой армии.

21 декабря 1828 года представители Великобритании, России и Франции разработали условия мира, которые закрепили автономию Греции. Под угрозой русской армии, располагавшейся лагерем в районе одного дневного перехода до столицы Османской империи, представители султана Махмуда II 22 марта 1829 года подписали мирный договор. Через три года Европейские державы окончательно договорились о международном статусе Греции. Она была провозглашена независимым государством во главе с монархом (с греками это решение особо не согласовывалось), а на трон был возведен 17-летний баварский принц. Это решение закрепил Лондонский протокол от 30 августа 1832 года.