Планы высадки в Египте хранились в большой тайне — Наполеон понимал, что Королевский флот знает о существовании французской эскадры, и адмирал Горацио Нельсон находится где-то недалеко. Однажды во время плавания был момент, когда два флота разминулись в открытом море на расстоянии всего в 10 км.

Когда 10 июня французский флот достиг Мальты, Наполеон не стал особо утруждать себя поиском причины для вторжения. Французские войска высадились на следующий день на слабозащищенном западном берегу острова, а после нескольких выстрелов рыцари Мальтийского ордена сложили оружие. Остров перешел к Франции, и действовавшая на нем средневековая орденская администрация была немедленно заменена французской республиканской системой. Семь миллионов франков из орденского казначейства были переданы в казну экспедиции, и всего через девять дней после первой высадки войск на Мальте французский конвой продолжил свое плавание к Александрии.

Взятие Мальты принесло Наполеону богатую добычу, но в долгосрочной перспективе оказалось, что захват острова стал серьезной ошибкой, поскольку из-за этого император Павел I (который оказывал покровительство рыцарям-госпитальерам) объявил войну Франции и отправил в Италию войска под командованием Александра Суворова. Однако это произошло позднее.Покинув Мальту, французский флот 1 июля достиг Александрии, находившейся на побережье Египта. Собравшимся на берегу возбужденным жителям города казалось, что корабли закрыли весь горизонт. Флот встал на якорь в 8 км западнее, в Марабу, где на берег высадился передовой отряд, который занял город. Всю ночь высаживались войска, и к утру 2 июля у Наполеона на берегу было 4500 солдат из дивизий Мену, Бона и Клебера. Он знал, что флот Его Величества все еще продолжает разыскивать его корабли, и поэтому настоял на том, чтобы разгрузка производилась как можно быстрее, даже при сильном ветре и на мелководье. Бонапарт не хотел подвергать свою армию риску нападения Нельсона — мудрая предосторожность, как выяснилось позднее.