Французские войска развернулись в каре — у Наполеона, не имевшего достаточного количества кавалерии, не оставалось другого выбора, поскольку он ожидал, что конница мамелюков будет проводить яростные и бессистемные атаки. Дезе и Ренье находились на правом фланге дальше всего от Нила, в центре стоял Дюгуа, часть сил которого составляла резерв. Затем располагались войска Виаля и, наконец, ближе всего к Нилу размещался Бона. Наблюдая за противником в подзорную трубу, Наполеон мог видеть, что мамелюки возвели укрепления вокруг Эмбабе, но он чувствовал, что его солдаты смогут легко взять город, если мамелюки будут выведены из равновесия. Поэтому он не стал ставить свои пушки на правый фланг и впервые во время кампании использовал каре для проведения наступления на конницу противника.

До того как противник оказался в зоне видимости, Наполеон придерживался иной тактики, приказав своим генералам во время марша из Александрии использовать его в крайнем случае. Теперь же эшелонированные формирования французов должны были наступать, а в случае атак противника останавливаться и занимать круговую оборону. Наполеон планировал отрезать мамелюков от Эмбабе, выдвинув вперед центральные каре, а затем использовать находившиеся на правом фланге войска Дезе и Ренье, чтобы сбросить противника в Нил.В течение большей части утра обе армии стояли на месте: Наполеон ждал, желая убедиться, что многочисленная конница мамелюков собирается атаковать, в то время как мамелюки, со своей стороны, вдали, чтобы французы проявили хоть какую-нибудь активность. В полдень Наполеон отдал войскам приказ выступать, и когда его ветераны двинулись вперед, мамелюки также решили атаковать противника.

Мурад-бей, увидев, что войска Наполеона двинулись вперед, повел своих мамелюков в бешеную атаку: примерно 7000 всадников на полном скаку понеслись на каре Дезе. Французы осторожно продвигались по полю боя по выжженной солнцем земле, пересеченной руслами каналов, преодолевая встречающиеся препятствия, которые замедляли темп наступления. Передовые части, миновавшие один такой высохший канал, внезапно обнаружили, что мамелюки находятся всего в 200 метрах, но все-таки успели вернуться назад. Стреляя из пистолетов, мамелюки пронеслись мимо французов, которые стойко держали оборону. Атака мамелюков была абсолютно нескоординирована. Вместо того чтобы действовать как единое формирование, каждый мамелюк старался обогнать всех, чтобы первым добраться до противника и заслужить славу отважного воина.

Один из французских капралов, Франсуа, вспоминал: «Они бросились вперед в безумную атаку. Мы получили приказ застыть на месте! Мы едва дышали; командир бригады Мармон приказал, чтобы мы стреляли только по его команде. Когда мамелюки приблизились почти вплотную, наконец, прозвучал приказ. Это была настоящая бойня. Сабли вражеской конницы встретили штыки нашей первой шеренги. Образовался невероятный хаос: лошади и всадники падали прямо на нас, лишь некоторые поворачивали назад».В отличие от бедуинов, которые нападали на войска Наполеона во время марша из Александрии, и которых французы ненавидели, мамелюки заслужили огромное уважение европейцев: «Эти всадники не походили на зловещих арабов, до сих пор преследовавших нас, подобно вампирам. Это были мамелюки, которые столкнулись с нами впервые. Мы восхитились великолепием этих воинов, скоростью их лошадей, их отвагой и хладнокровием».

Французы дали залп в упор по несущейся коннице, и лишь несколько лошадей, которые лишились всадников, смогли добраться до французского каре. Дивизия Дезе отбросила волны конницы мамелюков, столь самоуверенно атаковавших ее. Хотя 40 мамелюков и смогли прорваться внутрь каре через его правую сторону, их немедленно окружили и перебили. Несмотря на неудачи, группы мамелюков продолжали пытаться найти слабые места в каре, надеясь прорвать оборону французов, но их нападения везде были отбиты.Всадники, пытавшиеся объехать упавших на землю лошадей, натыкались на штыки и попадали под пули дивизии Ренье. Капитан Вертре позднее вспомнил: «Количество тел, громоздившихся вокруг нас, скоро стало огромным. Экзотическая одежда на мертвых и раненых мамелюках полыхала как сухой хворост, загораясь от попадавших на нее тлеющих пыжей из наших ружей. Нам ничего не оставалось, кроме как отбивать эти внушающие ужас атаки…, мы знали: либо все, либо ничего».Часть мамелюков добралась до находившейся в резерве дивизии Дюгуа, но лишь д ля того, чтобы погибнуть под перекрестным огнем. Мамелюки ничего не могли противопоставить французским каре. На французском правом фланге бой уже превратился в беспорядочное бегство — тысячи тел мамелюков лежали на поле битвы, остальные развернули коней и бросились назад, к своим старым позициям у пирамид. Теперь Наполеону нужно было использовать завоеванное преимущество, и он переключил свое внимание на Эмбабе и свой левый фланг,