Сражение у Пирамид, продолжавшееся всего около двух часов, закончилось триумфальной победой французской военной дисциплины над отвагой мамелюков.Примерно в15:30 Наполеон приказал дивизиям Бона и Виаля наступать на Эмбабе: впереди должен был двигаться Бон, Виаль прикрывал его с фланга. В это время Мурад-бей бросил в бой правый фланг своей конницы, до этого еще неисполь-зовавшейся. Разрядив свои пистолеты по противнику, мамелюки, размахивая саблями и с громкими криками, ринулись на стоявших перед ними французов. Наступающие дивизии немедленно перестроились в каре. Так же, как это сделала дивизия Дезе на правом фланге, солдаты Бона успешно отразили мамелюков, которые были вынуждены свернуть влево, где обнаружили, что дорогу им перекрыла дивизия Виаля, совершившая обходной маневр, чтобы отрезать им путь к отступлению. У мамелюков не оставалось другого выбора кроме как отойти к Эмбабе и укрыться в нем.

Тогда Бон и Виаль отдали приказ передним трем шеренгам развернуться в колонны и начать наступление на оборудованные противником позиции в предместьях Эмбабе. С противоположного берега Нила Ибрагим-бей наблюдал за наступлением и приказал своим пушкам, поддерживаемым с речных судов, открыть огонь. Как отмечено в одном из источников того времени, пять или шесть человек погибли, а французы ускорили темп наступления, чтобы развернуться и атаковать оборонительные позиции противника.Сначала египетские пехотинцы и артиллеристы успешно удерживали свои позиции под ударом французов,а мамелюки в это время продолжали спорадические атаки. Пушки стреляли через реку, но без особого успеха. Один из французских солдат, принимавших участие в штурме, вспоминал: «Мы отрезали группу врагов, вынуждая их бросаться в Нил, в котором многие из них утонули, а тех, кого можно было достать, мы перекололи штыками».

Такая же судьба постигла янычар и гарнизон, после чего феллахи бросились к Нилу и присоединились к толпам солдат, пытавшихся в панике забраться в лодки, чтобы переправиться на другой берег реки. Даже мамелюки на своих лошадях присоединились к этой толпе, пытаясь спастись от неминуемой гибели.Сражение закончилось. Оно продолжалось два часа, а по своему драматизму и накалу напоминало битвы эпохи Крестовых походов. Мурад-бей отступил в Верхний Египет, а находившиеся в Каире Ибрагим-бей и паша подожгли корабли, на которых находились сокровища мамелюков, чтобы помешать французам форсировать Нил. Затем они сбежали в Сирию. Хотя в живых остались еще 8000 мамелюков, которые отступили вместе с двумя беями, по некоторым оценкам потери египетской армии составили 2000 человек. Французы потеряли всего 40 человек убитыми и 260 ранеными. В течение многих дней после сражения французские солдаты регулярно под видом ловли рыбы в Ниле искали тела мертвых мамелюков, чтобы обобрать их (у некоторых в одежде находили до 300 золотых монет).