Турецкая армия высадилась на Абукирском полуострове 15 июля, ее поддерживали войска Мурад-бея и Ибрагим-бея. Эта 18-тысячная армия была разгромлена французами 25 июля в сражении при Абукире. Однако, пока французы удерживали Египет, политическая ситуация в Европе изменилась. Была создана 2-я Антифранцузская коалиция, а русские и австрийские войска быстро вернули все французские приобретения, полученные по Кампоформийскому миру. Наполеон почувствовал, что перед ним открываются новые возможности.

Оптимистично заявив, что Египет в полной безопасности, он передал командование Клеберу и в конце августа отплыл во Францию, чтобы еще раз испытать свою судьбу. Дальнейшее развитие событий привело его к большой победе при Маренго в 1800 году.Можно сказать, что несчастная французская армия была брошена в Египте на произвол судьбы. 14 июня 1800 года Клебер был убит, и командование перешло к Мену. Финал был близок. Столкнувшись с объединенными британскими и османскими войсками, Мену потерпел поражение в сражении при Александрии в марте 1801 года, а когда англичане начали осаду города, Мену капитулировал. Так завершилась попытка Наполеона создать новую французскую колонию. Египет вернулся под власть Османской империи,