Австрийская армия была реорганизована, но еще не проверена в деле, в то время как французские войска такую проверку прошли с успехом и, несмотря на усталость, являлись закаленной в боях грозной силой.Вначале XIX века, как, впрочем, и многие годы до этого, австрийский двор являлся местом всевозможных интриг. Система военного командования также не стала исключением, и в нем различные группировки также соперничали за милость императора и контроль над армией. Поражение Австрии в войне с Францией в 1800 году привело к тому, что позиции эрцгерцога Карла, выступавшего с программой масштабных военных и гражданских реформ, чрезвычайно усилились. Однако у него было много противников, и даже его собственный брат, император Франц II, с подозрением относился к проводимой им политике.



Когда в 1804-1805 годах рассматривался вопрос о возможности новой войны против Франции, Карл заявил, что армия не готова к возобновлению военного конфликта. Воспользовавшись этим, конкуренты Карла выдвинули фельдмаршала-лейтенанта Макка: Карл стал терять свои позиции, а Макк постепенно набирал силу и в итоге победил. После начала кампании 1805 года Макк принял командование армией в Германии и смело нанес удар на запад, не дождавшись подхода союзных русских войск. В то же время Карл, уверенный, что поражение Макка: неизбежно, наступал во главе другой армии в Северной Италии. Опасения Карла подтвердились в октябре 1805 года, когда его конкурент капитулировал со своей армией в Ульме. Победоносные французские войска начали развивать наступление в восточном направлении, после чего разгромили объединенную русско-австрийскую армию при Аустерлице.Война была закончена. Карл вышел из этой кампании, полностью сохранив свою репутацию, и когда Австрия после Аустерлица начала реорганизацию своих вооруженных сил, Карл в начале 1806 года был назначен главнокомандующим имперской армией. Он немедленно назначил на важнейшие посты в армии и государстве своих сторонников, удалив тех, кто открыто выступал  против него.

Когда Карл начал реформирование  армии, пришли известия о том, что Пруссия намеревается вновь выступить против Наполеона. Несмотря на н усилившееся давление, Карл сопротивлялся любым попыткам заставить Австрию присоединиться к новой  прусско-русской коалиции. Он считал, что время выбрано неудачно, а союзные войска не смогут добиться успеха, и удерживал Австрию от вступления в грозившую начаться в любой момент войну. Несмотря на то, что пруссаки потерпели поражение в битве при Йене-Ауерштэдте, давление на Карла продолжало усиливаться, особенно после сражения при Прейсиш-Эйлау, когда русско-прусским войскам удалось успешно противостоять самому Наполеону. И вновь Карл отказался менять свою позицию, а после победы французов при Фридланде в 1807 году война наконец закончилась.