Наполеон разместил свои войска на оборонительных позициях вокруг Эмбабе на случай возвращения мамелюков и отправил из своего лагеря в Гизе послание в Каир, в котором распорядился сформировать местный совет — Диван -для управления городом. Одновременно он назначил генерала Дюпюи губернатором и приказал ему обеспечить порядок в городе. Мусульманский флот был уничтожен, а 23 июля французская армия, не встречая никакого сопротивления, начала форсировать Нил. Наполеон прибыл в Каир через день, и делегация местных жителей вручила ему ключи от города. Он вступил в Каир во главе колонны гренадер и разместился в роскошном покинутом дворце.

Каир с его 500 000 жителей был больше Парижа и представлял собой шумный торговый город. Для многих солдат Наполеона пребывание в Каире стало настоящим культурным шоком. Майор французских инженерных частей Детруа отмечал: «Вы видите мужчин с бельмом на глазу, других -совершенно слепых, мужчин с длинными бородами, одетых в тряпье, толпящихся на узких улочках… сидящих на корточках как обезьяны перед входом в свои пещеры. Что касается женщин… здесь они отворачиваются, пряча свои истощенные лица за дурно пахнущими покрывалами, так что из-под одежды видны их отвисшие груди».

Как и на Мальте Наполеон немедленно приступил к созданию нового «справедливого» управления городом посредством Дивана. Он хотел завоевать доверие жителей, что было чрезвычайно важно, если он намеревался организовать широкое противостояние англичанам. Тем временем пришли известия, что собравшийся было уйти в Сирию Ибрагим-бей, остановился в 50 км к северу от Каира. Наполеон направил против него Ренье, а затем выехал туда лично, после того как Ибрагим вынудил отступить одну из французских колонн. Наполеон разгромил объединенные войска мамелюков и египетской пехоты на краю Синайской пустыни 11 августа, однако Ибрагим-бей сумел уйти к Сирийской пустыне.