Взяв Александрию, французская армия начала развивать наступление на Каир, но на своем пути встретила сопротивление войск Мурад-бея. А дивизии генералов Мену, Клебера  Бона, высадившиеся 2 июля со своих транспортных судов, по приказу немедленно начать наступление на Александрию, в то время как дивизии Дезе было поручено охранять береговой плацдарм и готовиться выступить на Каир в авангарде армии. Наполеон стремился взять под свой контроль Александрию, чтобы иметь удобный порт для выгрузки войск и грузов, а также для того, чтобы его корабли успели укрыться в безопасной гавани прежде, чем их обнаружат Нельсон и флот Его Величества. Имея на каждого солдата лишь по фляге воды и 60 патронов, без медикаментов и кавалерии, эти три дивизии двинулись на северо-восток и добрались до стен Александрии. По пути они вступили лишь в несколько незначительных перестрелок. Однако возле города по ним открыла огонь артиллерия.

Обветшалые стены Александрии в некоторых местах были разрушены, и на левом фланге колонна Мену атаковала крепость, выходившую к гавани. Колонна Бона атаковала на правом фланге Розеттские ворота, а Клеберу было поручено прощупать оборону противника на центральном участке. Солдаты Мену и Клебера продвигались вперед относительно легко (правда, оба генерала получили ранения), а вот Бону пришлось предпринять энергичную атаку, возглавляемую генералом Мармоном, который пошел на штурм ворот под сильным огнем со стен. Французы проявили выдающуюся храбрость, при этом они потеряли менее 40 человек убитыми, в то время как урон египтян составил 800 человек, включая и гражданских лиц. Известия о взятии Александрии очень ободрили Наполеона Бонапарта. Он уверил шейха Александрии Эль-Кораима, что оккупационный режим будет достаточно мягким, традиции ислама станут уважаться, а солдатам прикажут вести себя прилично. Умиротворив Александрию, Бонапарт приказал Дезе стать лагерем неподалеку от города, подготовив свою дивизию -4600 пехотинцев и 150 кавалеристов — к наступлению на Даманхур. Он хотел быть в Каире, который находился в 210 км марша, уже через две недели.

Четыре дивизии двинулись на юг к Даманхуру, в то время как еще одна -генерала Дюгуа — направилась на восток, чтобы взять Розетту, а уже затем повернуть на юг, чтобы соединиться с главными силами в Раманийе на реке Нил. Там их также должна была встретить флотилия капитана Перре, включавшая 60 судов, в том числе дюжину канонерских лодок, на каждой из которых находилось 4-6 пушек и 600 матросов. Она должна была прикрывать фланг дивизии во время ее наступления на Каир вдоль Нила.Находившийся в авангарде Дезе прибыл в Даманхур через четыре дня после изнурительного марш-броска. Вскоре к нему присоединились и другие дивизии. Из 18 ООО человек погибло всего несколько сот, но намного больше пострадало от перенесенных лишений. Дезе выступил в поход без артиллерии, лишь с небольшим кавалерийским отрядом и без медикаментов, поскольку они к тому времени все еще разгружались. Местное население при приближении французов бежало, забрав с собой продовольствие и все свое имущество, а обещанных колодцев по дороге не оказалось.Вскоре солдаты стали страдать от обезвоживания и голода, а дувшие из пустыни ветры лишь увеличивали их страдания.Двигавшейся следом дивизии Ренье пришлось еще хуже, поскольку она, помимо прочих невзгод, столкнулась и с враждебно настроенными бедуинскими племенами.