Пройдя мимо французского лагеря, авангард флотилии попал в засаду, организованную мусульманским флотом, и теперь вел отчаянный бой на выживание против канонерских лодок мамелюков и береговой артиллерии. Несколько французских кораблей были захвачены, а находившиеся на них матросы обезглавлены. После того как противники выпустили по 1500 снарядов, обе стороны начали испытывать нехватку боеприпасов. В этот момент снаряд, выпущенный из пушки флагманского корабля капитана Перре, попал в пороховой погреб передового корабля мамелюков. Боеприпасы (детонировали, и корабль взлетел на воздух. Мусульманский флот отошел к Каиру, потеряв 800 человек (потери французов составили 300 человек).

Мурад-бею пришлось отступить и на суше, и на море, а каре еще раз показало свою действенность в такого рода бою. Однако у Бонапарта было всего 200 кавалеристов, и он не мог развить достигнутый успех, что его чрезвычайно расстраивало. Таким образом, результат сражения был неопределенным, и Наполеону пришлось ждать еще восемь дней, прежде чем он смог добиться решающей победы, которая была крайне необходима его измотанным войскам, боевой дух которых постоянно падал.

120-км марш на Каир начался практически сразу, и его маршрут проходил через внутренние районы, а не по плодородным берегам Нила. Наполеон не хотел тратить времени впустую и выбрал более короткую, хотя и более трудную дорогу. Местность была пустынной, ландшафт -сложным, что создавало большие сложности при транспортировке артиллерии: колеса постоянно выходили из строя, а оси ломались. Из-за того, что отсутствовали медикаменты, больных нечем было лечить, солдатам досаждали вездесущие москиты, а воды постоянно не хватало. Местное население было настроено враждебно по отношению французам. Многие солдаты и офицеры не дезертировали только потому, что боялись бьггь захваченными бедуинами, которые следовали за армией и уничтожали отставших. Добравшись 19 июля до Лель-Уардана, измученная армия наконец получила на 48 часов долгожданный отдых.