Прибывшие в Египет французские солдаты ожидали, что местное население будет приветствовать их как освободителей — как это было в Европе, где обещание Франции уничтожить пережитки феодализма шумно приветствовалось голландцами, бельгийцами, немцами и итальянцами. Один французский академик сообщал, что армия, вступившая в Египет, собиралась «протянуть руку помощи несчастным людям, освободить их от тяжелого ярма, под которым они стонали в течение многих веков, и, наконец, приобщить их ко всем благам европейской цивилизации».

Однако французы были неприятно удивлены: египтяне видели в них оккупантов. Сначала население Каира терпело их присутствие; Наполеон выразил восхищение Кораном и стал говорить о преобразовании ислама. Однако один из французских «ученых мужей» Николя Турк отметил, что французы «не смогли завоевать сердца и умы людей. Мусульмане умело скрывали свою ненависть».

В сентябре французы арестовали и привезли в Каир влиятельного александрийского политика шейха Эль-Кораима. Он был казнен 6 сентября, и это событие стало шоком для многих жителей Каира. В начале октября в мечетях Каира было зачитано послание османского султана Селима   он призвал к священной войне против захватчиков. На рассвете 21 октября многотысячные толпы вышли на улицы Каира и напали на французов. Французский губернатор Каира генерал Дюпюи был убит, когда выехал на улицу, чтобы посмотреть, что происходит. К 08:00 стало ясно, что началось крупномасштабное восстание, и Наполеон (который выехал накануне, чтобы осмотреть укрепления поблизости от города) смог вернуться лишь позднее тем же утром. Генерал Бон принял командование французскими войсками в городе после гибели Дюпюи и вскоре открыл огонь из пушек по главному центру восстания — мечети Аль-Ажара.К вечеру 22 октября восставшие были рассеяны, а мечеть Аль-Ажара занята французскими войсками. Погибло примерно 3000 египтян и, возможно, 300 французов (в том числе и несколько «ученых мужей», которых растерзала толпа). 6 ноября 1798 года были казнены шесть руководителей восстания.