Французским войскам было не только трудно вести боевые действия в Египте, но и вообще находиться в этом регионе. У них возникало множество проблем: от душной жаркой погоды до эпидемий таких болезней, как бубонная чума.Одним из важных последствий Французской революции стало полное изменение самой сущности французской армии. Прежде всего, кардинально изменился состав офицерского корпуса после того, как тысячи аристократов бежали за границу, были брошены в тюрьму или убиты. Была сформирована новая организация — Национальная гвардия, -которая предназначалась для защиты революции от ее внутренних врагов.

Когда в 1792 году вспыхнула война, и революционной Франции пришлось сражаться против Пруссии и Австрии, которые пытались восстановить монархию Бурбонов, армия претерпела колоссальные изменения. Существовавшая при монархии система именных полков была ликвидирована, а вместо нее возникли номерные полубригады, включавшие по два-три батальона. Оставшиеся на службе кадровые офицеры сделали стремительную карьеру, поскольку в 1792 и 1793 годы в армию входило огромное количество плохо дисциплинированных добровольцев, а после принятия декретов о воинской повинности 1793 и 1794 годов она еще больше увеличилась.

Делались не слишком удачные попытки восстановить строгую, основанную на беспрекословном подчинении дисциплину армий Бурбонов, но фактически французская армия, состоявшая в значительной степени из восторженных молодых солдат, с самого начала училась сражаться по-новому. Например, возникли построения, позволявшие действовать более гибко, чем в традиционных четких шеренгах со ставкой на залповый огонь. Они теперь позволяли солдатам сражаться в рассыпном строю, ведя одиночный огонь. После первых неудач эти новые методы показали себя чрезвычайно эффективными. В 1794 и 1795 годы революционная армия изгнала иностранные войска с территории Франции, а затем, развивая наступление, вторглась и в сопредельные государства.