Французская армия не была готова к болезням, с которыми она столкнулась в Египте, а ее врачи были потрясены огромным количеством случаев заболеваний, с которыми им пришлось иметь дело. Первой проблемой стала дизентерия, возникшая из-за того, что для питья использовалась грязная вода, и еще больше усилившаяся, когда войска достигли Нила, где обнаружили множество арбузов. Несмотря на приказ варить арбузы, французские солдаты объелись этими сочными плодами.

Второй проблемой, вызванной ярким солнечным светом и сухим воздухом, наполненным пылью и песком, стала офтальмия, приводившая к тому, что солдаты буквально слепли. И, наконец, наиболее серьезной болезнью, обрушившейся на французов, стала бубонная чума, эпидемия которой разразилась в Египте. Были обустроены карантины, все случаи регистрировались, но обуздать болезнь так и не удалось. Чума стала главной причиной смертности французских солдат во время экспедиции в Сирию в 1799 году (во время осады Яффы ежедневно погибало по 20 человек) и привела к серьезным спорам между Наполеоном и главой его медицинской службы генералом Дюфришем. Наполеон предложил давать всем солдатам, которые уже не могли надеяться на выздоровление, летальные дозы опиума. Дюфриш пришел вужас от этой «идеи». Наполеон (внизу в центре) посещает чумной госпиталь в Яффе, Сирия, 1799 год.