К 1798 году, когда началась Египетская кампания, французская армия состояла из закаленных в боях ветеранов, прежде всего Итальянской и Рейнской армий. Во главе их стояли офицеры, большая часть которых начинала карьеру с самых низов. Однако Египет оказался для французов совершенно чужой им страной с незнакомой культурой, невыносимой жарой и вспышками эпидемий. Это очень повлияло на боевой дух солдат во время египетской кампании. Укусы москитов вызывали суд и лихорадку, а блохи принесли бубонную чуму. Грязная вода стала источником кишечных заболеваний, а резкий ветер из пустыни принес тяжелые глазные инфекции. Наступил момент, когда заболели последние 10 % французской армии, остальные к этому моменту уже страдали от разных недугов. Французская шерстяная форма, разработанная для военных действий в Европе, совершенно не подходила для климата, где днем температура достигала 35 °С. Чтобы хоть как-то приспособиться к невыносимой жаре, стала использоваться хлопчатобумажная, а затем и льняная одежда, но дискомфорт все равно оставался. Французское оружие отказывалось работать в условиях обильной ночной росы и песков пустыни.

Отсутствие возможности доставить хоть какие-то подкрепления после уничтожения французского флота в Абукирском сражении еще больше подорвало моральное состояние войск. Серьезные проблемы возникли у кавалерии, поскольку планы по реквизиции местных лошадей не сработали, потому что они очень сильно отличались по размеру и манере езды от европейских лошадей, а их переучивание занимало много времени. Имея менее 3000 сабель, Наполеон позволял своей кавалерии вступать в бой, лишь когда противник обращался в бегство. Рисковать ею он не мог.

Враждебное окружение и постоянные перестрелки с не знавшим пощады противником все больше сказывались на
боевом духе солдат. Враг казнил пленных французов на глазах у их товарищей: «Нам пришлось оставить часть тяжелораненых, которых нельзя было переносить. Мы рыдали, слушая их вопли — каждый просил, чтобы ему дали умереть от рук француза, но их товарищи не смогли сделать это, и раненых убили мамелюки». Оказавшись в столь отчаянном положении, Наполеон вынужден был безжалостно реагировать на любые нарушения дисциплины.Больше всего Наполеон опасался, что из-за постоянной жары и многочисленных лишений его войска дрогнут, когда на них понесется внушающая ужас орда орущих мамелюков. Условия очень отличались от тех, что были во время Итальянской кампании, и рост недовольства в войсках приходилось подавлять за счет усиления дисциплины. Чтобы хоть как-то компенсировать не прибывшие из Франции подкрепления, на службу было принято более 9000 местных жителей. Из французских моряков и туземцев сформировали специальные роты. Даже некоторые молодые мамелюки были приняты на службу под знамена Франции.