Когда крупная австрийская армия была собрана, эрцгерцогом Карлом овладели сомнения на сей раз в целесообразности наступления из Богемии. Проблемы со снабжением и вооружением в армии становились очевидными по мере того как проходило сосредоточение основных сил, и герцог сомневался в их боеготовности. Наступление к югу от Дуная, казалось, было более безопасным и обеспечивало большую защиту имперской столицы  Вены. 13 марта началась крупномасштабная передислокация австрийской армии.Резко обострившийся кризис в Испании потребовал в начале ноября 1808 года личного присутствия там Наполеона. Однако незадолго до этого до него дошли слухи об активизации военных приготовлений австрийцев. В связи с этим французские войска, еще остававшиеся в Германии  главным образом III корпус маршала Даву,  получили приказ начать сосредоточение. Зная о том, что французских солдат на центральноевропейском театре
военных действий явно недостаточно, Наполеон в середине января разослал письма находившимся под контролем Франции немецким королям и князьям, с рекомендацией готовиться к мобилизации своих войск.

24 января 1809 года Наполеон вернулся в Париж, оставив армию в Испании. Он развернул бурную деятельность, призвав в армию большое количество конскриптов и сформировав из резервных частей два новых корпуса (II и IV).В IV корпус, командиром которого был назначен Массена, вошли французские, баденские и гессен-дармштадт-ские войска, в то время как Бавария, Вюртемберг и Саксония сформировали по собственному корпусу (VII, VIII и IX, соответственно). Императорская гвардия, находившаяся в Испании, была подготовлена к переброске в Германию.Поскольку Карл изменил направление своего наступления, четыре из сформированных в Богемии корпусов (III, IV, V и I резервный) 13 марта получили приказы начать длинный и утомительный марш на юг. V корпус должен был преодолеть наибольшее расстояние  около 300 км,  чтобы добраться до нового района сосредоточения. Карл теперь мог рассчитывать, что численность его главной армии составит примерно 127 ООО человек, в то время как два корпуса, остававшиеся к северу от Дуная (I и II), насчитывали примерно 50 ООО человек Но самым важным было то, что этот маневр дал Наполеону три-четыре дополнительные недели, за которые он успел подготовить свою армию к новой кампании.

Общее командование войсками в Германии осуществлял Луи-Александр Бертье, бессменный начальник штаба Наполеона, не имевший, однако, опыта самостоятельного руководства крупными силами на поле боя. Он придавал огромное значение тому, чтобы оставаться в Регенсбурге «при любых обстоятельствах». Даву уже отступал в направлении Инголыптадта, когда от Бертье пришел приказ возвращаться в Регенсбург. Даву неохотно подчинился. Теперь два крыла армии разделяли примерно 120 км баварских земель, где находились всего три баварские дивизии VII корпуса за рекой Изер. Вечером 14 апреля Бертье в отчаянии написал Наполеону: «В сложившейся ситуации я вду скорейшего прибытия Вашего Величества». Его спасение было близко: Наполеон выехал из Парижа рано утром 13 апреля.Утром 10 апреля австрийская армия вступила на территорию Баварии. Единственной проблемой, с которой она столкнулась, оказалась плохая погода. Было очень холодно, шел сильный снег с дождем, что существенно осложняло положение всех войск. Несмотря на непогоду, к 15 апреля австрийская армия находилась на расстоянии всего одного короткого перехода до Изера.

Утро воскресенья 16 апреля было ярким и солнечным. Произошло изменение погоды, которого так долго ждали солдаты обеих армий, много выстрадавшие за прошедшую неделю. В такой день можно было начинать военные действия. Карл повел свои войска к Изеру в районе города Ландсхут.Переправу через реку в Ландсхуте защищали части 3-й баварской дивизии генерал-лейтенанта Деруа из состава VII корпуса. Они прибыли в Ландсхут рано утром 15 апреля с приказом взять под свой контроль переправу. На случай, если они встретятся с превосходящими силами противника, им предписывалось не вступать в бой, а отойти. Против войск Деруа, численность которых достигала лишь 10 000 человек, эрцгерцог Карл выдвинул примерно 25 000 человек V корпуса, которых поддерживали 26 000 человек из III корпуса, и одержал легкую победу. С минимальными потерями его солдаты форсировали реку Изер. Карл высоко оценил действия легких войск, конницы и артиллерии и чувствовал, что боевой дух его армии теперь очень высок. Однако ситуация начинала существенно меняться. На следующее утро в 05:00 Наполеон прибыл в Донаувёрт и принял на себя непосредственное командование армией.