После неудачной попытки задержать французов у Альтеглофсхейма потерпевшая поражение австрийская армия в ночь на 22 апреля перегруппировалась на высотах к югу от Регенсбурга. Солдаты пытались найти части, от которых они отбились. Эрцгерцог Карл вполне справедливо полагал, что состояние его армии не позволяет на следующий день закрепиться на новой линии обороны и возобновить бой, имея за спиной Дунай. За прошедшие два дня он потерял 12 ООО солдат; потери противника составили 6000 человек. В связи с этим Карл отдал приказ в ночь с 22 на 23 апреля отступить через Регенсбург на северный берег реки. Понтонный мост был возведен примерно в 2 км к востоку от большого каменного моста. Австрийцы продолжали переходить через спокойную реку, в то время как пять батальонов II корпуса были отправлены защищать город. У стен города был оставлен арьергард в составе 6200 кавалеристов (в основном из вездесущих эскадронов Штуттерхейма) и нескольких батальонов пехоты. Наполеон и его измотанные войска остановились на ночь на линии между Оберзандингом до Альтеглофсхеймом.

Когда рассвело, Наполеон стал готовиться снова занять Регенсбург. Между 08:00 и 09:00, после того как французские кавалеристы — почти 10 000 сабель -приблизились к городу, началась новая серия крупных конных боев. В целом атаки австрийской кавалерии не были хорошо скоординированы, отдельные полки вступали в бой со значительно превосходившими их силами французской кавалерии, однако выдающаяся храбрость, продемонстрированная австрийцами в этих тяжелейших условиях, позволила им в течение почти трех часов сдерживать наступление французов, и австрийская армия получила достаточно времени, чтобы уйти за Дунай, а затем к Рейнхаузену. Выполнив поставленную перед ней задачу, австрийская кавалерия также отступила за реку. Только в этот момент французы обнаружили понтонный мост, но тот был хорошо защищен, и они так и не смогли захватить его, пока через него не переправились последние австрийцы.Теперь Наполеон сосредоточил свою армию под стенами города, и его артиллерия открыла огонь. Стены были пробиты, и французы ворвались в город.

Первая часть кампании 1809 года была завершена. Армия эрцгерцога Карла, которая вступила в Баварию 10 апреля, надеясь на победу, теперь была (всего через две недели) разделена на две разрозненные колонны, отступавшие к Вене. Однако ни одно из этих крыльев армии не было разгромлено. Оба смогли отступить, сохранив боеспособность и порядок. Это подтвердили находившиеся под началом Хиллера V и VI австрийские корпуса, которые смогли остановиться и дать успешный отпор преследовавшим их войскам Бессьера при Ноймаркте 24 апреля. Крыло армии Карла отступило через Богемию без каких-либо трудностей, поскольку Даву, которому было приказано преследовать австрийцев, держался на расстоянии.Наполеон был убежден, что оба крыла австрийской армии объединятся, чтобы дать ему генеральное сражения на пути к Вене — в районе Пассау, но он ошибался. Французы продолжили свой марш на Вену, которая осталась практически без защиты. Город сдался 13 мая после артобстрела. Однако война была далека от завершения, и Карл теперь планировал вновь перейти в наступление. Через девять дней после захвата оставленной войсками Вены, Наполеону пришлось впервые почувствовать вкус поражения во время ожесточенного и кровопролитного сражения при Асперне-Эсслинге 21-22 мая 1809 года.