13 августа Наполеон выступил обратно в Каир. Однако по дороге он получил известия о том, что по его Египетской экспедиции нанесен смертельный удар: судьбу кампании почти двумя неделями ранее решил английский Королевский флот, уничтоживший французскую эскадру.После того, как 13 кораблей Нельсона 29 июня отплыли из Александрии, разминувшись с Наполеоном всего на два дня, адмирал обследовал все Средиземное море в поисках французского генерала. Наконец, Нельсон установил, что французы высадились в Александрии, и спешно поплыл назад, чтобы атаковать противника. Нельсон предположил, что французы захватят Александрийскую гавань, что могло помешать его планам. Однако адмирал Брюейс д’Эгалье проигнорировал приказы Наполеона, который распорядился, чтобы он либо захватил гавань, либо вышел в море. Вместо этого он встал со своими 13 кораблями на якорь в Абукирском заливе. Корабли занимали оборонительное положение, к бою были подготовлены лишь орудия обращенных к морю бортов, видимо, ожидалось, что англичане любезно подставят свои корабли под ядра французов.

Брюейс не предполагал, что Нельсон проявит инициативу, и в этом его поддержали капитаны. Обнаружив французский флот, Нельсон сначала решил стремительно атаковать французские корабли и взять их на абордаж. Однако когда его эскадра приблизились к противнику, он увидел, что между французскими кораблями и берегом есть еще достаточно свободного пространства. Нельсон хотел провести рискованный, но блестящий маневр, и если бы англичанам удалось избежать попадания на мель, то французский флот оказался бы в безвыходном положении. Четыре британских корабля -«Голиаф», «Целее», «Орион» и «Одейшес» атаковали французов со стороны берега, — а остальные во главе с флагманом Нельсона «Авангардом» подошли к противнику со стороны моря. Орудийные порты на обращенных к берегу бортах французских кораблей были закрыты, поскольку такого маневра Нельсона Брюейс не ожидал, и англичане били теперь по французам с обеих сторон. Сражение продолжалось всю ночь и утро. В ходе него французский флагман «Л’Орьен» взорвался, а французский флот фактически перестал существовать.