Для историков несомненно, что Наполеон имел 4 детей: сына — от законного брака, и двух сыновей и дочь от внебрачных связей.

Именно из-за отсутствия детей от Жозефины де Богарне, Наполеон с ней развелся и вторая его жена — Мария-Луиза Габсбург-Лотарингская подарила ему наследника — Наполеона Франсуа Жозефа Шарля Бонапарта, рожденного в 1811, и объявленного Римским королем и наследником империи.

После повторного отречения Наполеона І, король Римский с матерью Марией-Луизой отправился в Австрию, где в 1818 получил титул «герцог Рейхштадский». Его окружение пыталось избегать при нем упоминаний о его отце — Наполеоне, но наследник гордился своим великим отцом-императором, и поэтому австрийский двор был ему в тягость. Умер наследник в 21 год от туберкулеза. Принц Луи Наполеон — его двоюродный брат в 1852 назвал себя императором и взял себе  имя Наполеон ІІІ.

У Наполеона была связь с Марией Лончинской — графиней Валевской, от которой у него родился внебрачный сын Александр Жозеф Флориан Колонна-Валевский в 1810 году, ставший впоследствии французским дипломатом и министром иностранных дел Франции. У Александра Валевского были дети, как от законных браков, так и внебрачные, являющиеся прямыми наследниками Наполеона І, о которых сегодня известно.

Элеонора Дениелла де Ла Пенье родила Бонапарту сына Шарля Леона в 1806 (умер в 1881), а Альбина да Вассаль (де Монтолон) — дочь Жозефину Наполеоне де Монтолон в 1818 году (умерла в 1819). Об этих детях современным исследователям известно совсем мало.