Планы Наполеона по созданию империи, способной конкурировать с британской Индией, рухнули. Без флота не могло быть и речи о морской торговле. Находившееся на борту «Л’Орьена», захваченное Бонапартом золото, предназначавшееся для финансирования экспедиции, теперь лежало на дне Абукирекого залива. И все же, столкнувшись с ужасающей реальностью, Наполеон сумел внешне сохранить спокойствие. Он продолжал управлять захваченными землями из Каира, а в начале августа отправил Дезе с 3000 солдат очистить от отрядов Мурад-бея Верхний Египет. Дезе, не имевший кавалерии и располагавший всего двумя полевыми пушками, упорно преследовал численно превосходившие его войска Мурад-бея. Солдаты Дезе двигались вдоль берега Нила в пешем строю, по реке его сопровождала флотилия небольших судов.

Противники, наконец, встретились у Седимана 1 октября. У Мурад-бея было более 6000 всадников. Дезе выстроил свои войска в два небольших каре, прикрывавших еще одно более крупное, где находились все его пушки. Яростные атаки мамелюков не прекращались, французы упорно отстреливались, и сражение едва не закончилось поражением французов, когда Мурад-бей использовал восемь пушек, размещенных в его укрепленном лагере, чтобы разбить главное каре Дезе. Однако французы захватили эти пушки, развернули их против мамелюков и выиграли сражение, потеряв 44 человека убитыми и 100 ранеными. Мурад-бей ускользнул, а французам пришлось и дальше иметь дело с враждебным населением и налетами бедуинов. Однако Дезе поспешил в Верхний Египет, миновав Асьют, Гиргу и Самхуд, где вновь вступил в бой с мамелюками, которые отступили.

Боевой дух войск был низким, волнения в Каире усиливались. Слухи о том, что Турция после Абукирекого сражения стала действовать совместно с Великобританией и отправила новые войска, привели к широкомасштабному и кровопролитному восстанию в Каире, вспыхнувшему 22 октября. Погибли более 100 французских солдат, в том числе генерал Дюпюи. Ответ французов было быстрым и крайне жестоким -всего через два дня восстание было подавлено, его руководители пойманы и казнены. Потери жителей Каира оцениваются более чем в 3000 человек.